Es gibt zwei Minen in Magical Melody: die Mondscheinhöhle und die Seehöhle. Wenn man eine von beiden aufsucht, sollte man Hacke und Hammer dabei haben; auch etwas zu Essen zwecks Auffüllung der Energie ist empfehlenswert. In den Minen können Pontata-Wurzeln gefunden werden, die ebenfalls Energie regenerieren. 
Wenn man eine Mine betritt, erscheinen die Stufen zum 2. Level automatisch, sofern man sich mit dem Hammer ausgerüstet hat. In den weiteren Levels ist das nicht mehr der Fall; hier muss man die Stufen mit der Hacke freilegen. 
Eine weitere Methode in den Minen voranzukommen, ist das Suchen eines Risses im Boden. Stellt man sich einige Sekunden darauf, dann bricht man ein. Erscheint ein '!' über dem Kopf des Farmers, dann fällt er nach unten; bei einem '?' geht's leider nach oben. Es können bis zu 9 Level (hoch oder runter) übersprungen werden. Je tiefer man kommt, desto größer ist die Wahrscheinlichkeit, dass man mit dieser Methode wieder ein Stück nach oben bugsiert wird. Ab den 90er-Levels sollte man auf jeden Fall besser nach Treppen suchen. 
Beim Aufgraben des Bodens können Goldmünzen erscheinen. Man nimmt sie auf, indem man einfach darüber läuft. Alle anderen Gegenstände, die beim Graben erscheinen, muss man aufheben und verstauen. Das muss schnell geschehen, da sie nach ein paar Sekunden wieder verschwinden. 

Mit einer aufgerüsteten Hacke kann man mehrere Felder auf einmal aufgraben. Das hat Vor- und Nachteile: 
Vorteil: Eine Treppe ist damit deutlich schneller zu finden (nicht unwichtig, da die Zeit auch in den Minen weiterläuft) 
Nachteil: Wenn beim Aufhacken mehrere Gegenstände erscheinen, reicht die Zeit nur aus, um maximal zwei Gegenstände zu nehmen. Der Rest verschwindet dann. 

Mit dem Hammer müssen Steine und Kristalle zerschlagen werden. Steine sind meistens leer; nur mache enthalten ein Erz oder einen Edelstein. Manchmal kann auch Gas austreten; entweder mit einem Gegenstand oder auch ohne. Kristalle sind ähnlich wie Steine; allerdings sind sie niemals leer. Minengase können deinen Farmer beeinflussen, wenn er damit in Berührung kommt. Die Effekte im einzelnen: 
Schwarzes Gas: Es wird dunkler, bis du nur noch in einem kleinen Kreis um deinen Farmer etwas siehst. 
Lila Gas: Der Farmer reagiert nicht mehr richtig auf die Steuerung mit dem Controller. 
Oranges Gas: Der Farmer kann sich eine Zeitlang nicht bewegen. 
Gelbes Gas: Der Farmer bewegt sich schneller. 
Rosa Gas: Ein Teil der Energie des Farmer wird regeneriert. 
Weißes Gas: Dieses sehr seltene Gas beseitigt alle anderen Gas-Effekte. 
Mit einem goldenen oder göttlichen Hammer kann man mehrere Steine/Kristalle zerschlagen. 

Mondscheinhöhle: 
Im ersten Level trifft man zuweilen auf Besucher. Ann und Tim suchen öfter nach Erzen, während Alex und Basil manchmal nach Pontata-Wurzeln Ausschau halten. Die Mondscheinhöhle sollte man aufsuchen, wenn man Erze zum Aufrüsten von Werkzeugen sucht. Kupfer, Silber, Gold und seltenes Erz kann hier gefunden werden. Mondsteine gibt es auch öfter und einige der Edelsteine können in tieferen Ebenen gefunden werden. 
In der Mondscheinhöhle gibt es folgende 'Spezial'ebenen: 
Lv 2: Der Boden ist voll mit gutem Ton 
Lv 22: Amethyste 
Lv 44: Hier hat man gute Chancen, seltenes Erz zu finden 
Lv 55: Ein weiteres Level mit Amethysten 
Lv 66: Aquamarine 
Lv 77: Diamanten 

Erreicht man Level 100 der Mine, dann bekommt man von Tim eine Powerbeere. Wenn man danach den Boden aufgräbt, erscheinen jede Menge Münzen. 


Seehöhle: 
Da diese Mine inmitten eines Sees liegt, kann sie nur im Winter betreten werden. Hier gibt es weniger Erze, dafür aber mehr Edelsteine. In Level 100 gibt es einen unterirdischen See. Hier kann man einen Fischkönig (Jamasquid) fangen (Wenn man also vorhat, das unterste Level dieser Mine zu erreichen, sollte man gleich noch die Angel mitnehmen). 
Auch in dieser Mine gibt es Spezialebenen: 
LV 5: Hier gibt's Mondsteine in jedem Kristall 
Lv 10: Hier geht's nicht weiter runter 
Lv 15: Alle Kristalle enthalten Amethyst 
Lv 20: Am häufigsten gibt's hier den Aquamarin 
Lv 25: Hier sind Topase in den Kristallen 
Lv 30: Überall sind Saphire zu finden 
Lv 35: Smaragde 
Lv 40: DAS Level für Rubine 
Lv 45: Jede Menge Kalksteine (zum Herstellen von Dünger) 
Lv 50: Hier findet man Diamanten 

Übersicht über die Gegenstände, die in den Minen gefunden werden können - inkl. Verkaufspreise : 


Gegenstand -  Anmerkung   Preis 

Abfallmetall  -  fast wertlos      1 G 
Kalkstein -  für Düngerherstellung      5 G 
guter Ton -  (B); für Töpferwaren     10 G 
Pontata-Wurzel  -  (B); Auffüllen Energie    30 G 
Mondstein  -    50 G 
Kupfer  -  für Werkzeug-Aufrüstung    50 G 
Silber -  für Werkzeug-Aufrüstung  100 G 
Gold -  für Werkzeug-Aufrüstung  150 G 
 Seltenes Erz -  für Werkzeug-Aufrüstung  200 G 
 Amethyst  -  lila Edelstein  220 G 
 Aquamarin -  blauer Edelstein  230 G 
 Topas -  gelber Edelstein  240 G 
 Saphir -  d.-blauer Edelstein  250 G 
 Smaragd -  grüner Edelstein   330 G 
 Rubin -  roter Edelstein  350 G 
 Diamant -  teuerster Edelstein  500 G 


(B) = wird im Boden gefunden